El Santuario de la naturaleza Río Cruces Chorocamayo se originó como consecuencia del terremoto de Valdivia de 1960. El sismo causó el hundimiento de las riberas del río Cruces, formando un humedal de más de seis mil hectáreas, que con el paso del tiempo se pobló de flora y fauna acuáticas. En 1981, 4877 hectáreas del humedal se declararon Santuario de la Naturaleza por el Ministerio de Educación. Además, el mismo año el humedal se convirtió en el primer sitio Ramsar de Chile.

A mediados de 2004 se constató una muy elevada mortandad de cisnes de cuello negro en el río Cruces. En mayo de 2005 la Corporación Nacional Forestal estimó que la población habitual de cisnes, unas seis mil aves, se había reducido en más del 90 %. Varios años después de que Celulosa Arauco y Constitución (Celco), la empresa responsable de los vertidos tóxicos que causaron daños al ecosistema, fuera condenada a tomar medidas para reparar el daño causado, la cantidad de cisnes se recuperó y en 2018 ya superaba a la cifra anterior a 2004.​

Este santuario figura bajo el nombre zona húmeda de los alrededores de la ciudad de Valdivia en página del Consejo de Monumentos Nacionales de Chile.